Les travaux archéologiques sur le tell ont été initiés par le ministère égyptien des Antiquités (MoA), entre 1998 et 2002, sous la direction du Dr. Salem el-Boghdadi qui y a découvert une vaste nécropole des deux premières dynasties. Depuis décembre 2015, les fouilles sont conduites par une mission franco-égyptienne (Institut français d’archéologie orientale/MoA), dont l’objectif est de retracer l’apparition puis l’essor de l’économie agricole dans le delta du Nil qu’accompagne l’émergence des premiers villages égyptiens. Tell el-Samara est à cet égard un site de première importance, car il s’agit d’un des rares villages du Ve millénaire av. J.-C. connus à ce jour. Seuls trois autres établissements de cette période ont été mis au jour dans le delta du Nil, deux autres dans le Fayoum, auxquels s’ajoutent quelques hameaux dispersés dans la région de Badari en Haute Égypte.

À cette époque, l’Égypte telle que nous la connaissons aujourd’hui n’existait pas encore. Dans la vallée du Nil, le Delta et les déserts, différents groupes de populations, ayant chacun leur culture propre, entretenaient des modes de vie adaptés aux contraintes de leur environnement qui pouvait être tantôt aride, tantôt lacustre et luxuriant. Les paysages humides du Delta offraient d’abondantes ressources naturelles et les populations qui l’occupaient il y a plus de 7 000 ans ne connaissaient ni l’agriculture ni l’élevage, n’habitaient pas encore dans des villages et n’utilisaient pas de poterie. Ils vivaient de la chasse et de la récolte des plantes sauvages en se déplaçant de manière saisonnière au gré des ressources disponibles