L’étude de la région frontière entre l’Empire romain d’Orient et celui d’Occident fait l’objet d’un programme de recherches archéologiques centré sur le sud-ouest de l’Illyricum dans le haut Moyen Âge. Ce projet porte sur les dynamiques de formation et de fonctionnement des sociétés médiévales dans le monde balkanique méditerranéen. L’objectif est, à travers une approche archéologique et anthropologique, d’analyser le peuplement, les formes de l’habitat, les productions et les échanges.

La recherche porte sur deux sites voisins, Lezha côtier et Komani continental, de la même entité régionale, celle de la basse vallée du Drin en Albanie du nord. Cette étude comparative se propose de suivre le nouveau modèle de structuration de l'espace médiéval qui s’exprime par une évolution de la hiérarchie traditionnelle d’occupation et de structuration du territoire, provoquée par la rupture des équilibres politiques et économiques caractéristiques du monde romain, par le déclin du phénomène urbain et par l'importance croissante du fait rural.

Une première mission archéologique menée entre 2007 et 2011 s'est concentrée sur l’aire funéraire extra-muros de la ville haute et moyenne ; elle a intégré des sondages dans les zones supposées d’habitat, au sud et dans la citadelle. L’aire funéraire est densément occupée.

Elle comporte des structures funéraires aux formes architecturales diverses (à ce jour, 178 tombes ont été fouillées). Les sépultures ont été datées par le mobilier funéraire ; les plus anciennes, de la fin du VIe ou du début du VIIe siècle, se situent majoritairement près de la citadelle.

L’aspect chrétien de la population des premiers siècles du Moyen Âge est attesté, non seulement par une partie du mobilier qui accompagne les défunts, dès le VIIe siècle, mais surtout par les vestiges d’une église et d’une chapelle, distantes d’une quinzaine de mètres et situées aux limites septentrionales du cimetière. Près de ces édifices, les tombes sont plus récentes et peuvent atteindre le XIIe siècle.

Le programme 2013-2017 sur les niveaux médiévaux de la ville de Lezha souhaite parvenir à une meilleure compréhension de l'organisation de l'ensemble de la ville haute : de l'espace funéraire, en précisant les limites du cimetière médiéval ; de la citadelle, l'évolution chronologique de l'enceinte et la nature des structures (ecclésiastiques, militaires et civiles) occupant l'espace intra-muros tout au long du Moyen Âge.

L'étude anthropologique s'intéresse à l’état sanitaire des populations, par une approche paléopathologique, par phase chronologique et par groupe social, l’enjeu étant de tenter de restituer les populations dans une vision dynamique, rythmée par les naissances et les décès, voire les migrations. Les hypothèses concernant l’évolution de la structure de la population s’appuient principalement sur les données de l’archéologie et de l’anthropologie biologique, grâce aux possibilités offertes par la paléogénétique.