Le Réseau est doté d'un Conseil d'Orientation Stratégique (COS) défini par l’art. 18.2 du décret n° 2021-146 du 10 février 2021  : 

« Le Réseau est doté d’un conseil d’orientation stratégique constitué de sept personnalités scientifiques françaises et étrangères désignées, pour un mandat de cinq ans, par le ministre chargé de l’enseignement supérieur, dont cinq sur proposition du comité des directeurs. Les membres de ce conseil ne peuvent être ou avoir été directeur, directeur des études, membre scientifique, directeur d’études et maître de conférences pour l’École française d’Extrême-Orient ou membres d’un des conseils d’une des écoles. Ce conseil appuie le Réseau des écoles par ses avis, ses recommandations et ses propositions. Le comité des directeurs l’informe chaque année de son action. Il peut, de sa propre initiative, appeler l’attention du comité des directeurs. Le conseil d’orientation stratégique fixe ses modalités d’organisation dans un règlement intérieur ».

Composition du COS publiée au Bulletin Officiel du 12 mai 2022 :

- Nalini Balbir, professeure des universités à Sorbonne Nouvelle - Paris 3 et directrice d'études cumulante à l'EPHE ;

- Marie-Luise Bech Nosch Gregersen, professeure à l'université de Copenhague, présidente de l'Académie Royale Danoise ;

- Philippe Charlier, directeur du département de la recherche et de l'enseignement du musée du quai Branly-Jacques Chirac ;

- Christopher Smith, professeur d'histoire ancienne à l'University of St Andrews, Executive Chair of The Arts and Humanities Research Council ;

- Jean Winand, professeur ordinaire et premier vice-recteur de l'université de Liège.

- Silvia Marzagalli, professeure d'histoire moderne, Université Côte d'Azur ; 

- Edhem Eldem, professeur d'histoire à l'Université de Bogaziçi, chaire internationale d'histoire turque et ottomane au Collège de France. 

Le président du COS est Philippe Charlier.