Architecte de formation, Nessim Henein fut d'abord engagé à l'Ifao par Serge Sauneron comme architecte de fouilles et chargé d’une prospection sur le site du monastère de Mari Girgis. Mais très vite, au-delà des relevés archéologiques, ses carnets de recherche ont traduit sa vision humaniste, son intérêt pour l’enquête ethnographique et pour le monde rural. Devenu ethnologue, ses enquêtes ont porté sur la vie quotidienne des habitants des villages et oasis d’Égypte et ses continuités observables parfois depuis l'Antiquité : l’outillage agraire, les techniques de pêche et de chasse, la culture matérielle, les processus de production et de fabrication en voie de disparition, mais aussi les cultures orales, avec une attention toute particulière aux faits de langage.