Comme au Ouadi el-Jarf, puis plus tard à Mersa Gaouasis, on retrouve à Ayn Soukhna les caractéristiques des ports intermittents égyptiens : un système de galeries-magasins pour entreposer le matériel entre deux expéditions ainsi qu’une zone où se déroulaient les activités des équipes pendant le temps d’occupation du site (habitat, cuisine, stockage provisoire de denrées, administration, ateliers divers).

Ayn Soukhna a été fréquenté tout au long de l’histoire égyptienne, en raison de sa situation privilégiée : le site en effet est proche de la capitale, Memphis, possède une source d’eau potable qui est entourée d’une petite oasis et est situé dans une rade relativement abritée. Les principales phases d’occupation du site datent tout d’abord de l’Ancien Empire (entre Chéphren et Pépy II), puis du début du Moyen Empire (entre Montouhotep IV et Sésostris Ier). La majorité des vestiges fouillés sur le site remontent à ces deux périodes. Mais on trouve aussi une phase plus réduite datant de la fin de la XIIe dynastie, ainsi que des inscriptions rupestres qui attestent le passage d’expéditions sous Amenhotep Ier et Amenhotep III à la XVIIIe dynastie. À l’époque byzantine, des moines coptes installent de petits ermitages sur le site. Un grand panneau rocheux qui surplombe le site constitue un excellent témoin de sa fréquentation, ses inscriptions résumant toute une partie de son histoire.