Les premières fouilles ont été menées par l’Egypt Exploration Fund (EEF) en 1888. Elles ont concerné plusieurs secteurs, mais surtout la partie occidentale de la nécropole, où des tombes de différentes époques furent mises au jour. Peu d’informations ont été publiées, mais le matériel découvert est assez bien renseigné, notamment les nombreuses trouvailles épigraphiques. Le relais a été assuré en 1935 par le Kelsey Museum d’Ann Arbor, sous la direction d’Enoch Ernest Peterson. Les travaux n’ont duré qu’une campagne, en raison de difficultés financières, et n’ont jamais été publiés.

Les plus importantes opérations furent menées par le service des Antiquités, entre 1969 et 1975. Il s’agit de fouilles de sauvetage, conduites lors du creusement du canal al-Nasseri, qui transperce aujourd’hui le site du sud-est au nord-ouest. Trois secteurs ont été fouillés, dont une grande partie a, depuis, été remise à l’agriculture. Les croquis publiés alors indiquent que l’étendue du site était beaucoup plus importante que la portion conservée de nos jours et représentait plus de 4 km nord-sud. Les fouilles ont été d’importance : des inhumations d’époque pharaonique et une grande partie de la nécropole gréco-romaine ont été mises au jour. En dépit de son potentiel et de son importance stratégique, le site reste très mal connu et souffre d’un déficit important dans son étude. Mefkat et surtout Térénouthis faisaient pourtant partie des lieux importants du delta occidental et leur étude est aujourd’hui nécessaire dans la perspective d’une restitution de l’organisation de la marge du delta du Nil.

La mission française est active depuis 2013 sur le terrain. Elle est aujourd’hui soutenue par l’Ifao et le laboratoire HiSoMA (UMR 5189), sous la direction de Sylvain Dhennin. Le bon état de conservation du site et son utilisation sur la longue durée permettent d’en envisager une approche globale. Les problématiques ont donc été centrées sur l’urbanisme et ses mutations, ainsi que sur l’évolution des fonctions présentes dans la ville : habitat, ateliers artisanaux, temple, nécropole. Par un travail sur les archives, la mission a également pour objectif de remettre en perspective les données issues des fouilles anciennes inédites, en les éclairant par les données issues du terrain et des nouvelles méthodes. Jusqu’à présent, les recherches de la mission ont été poursuivies selon trois axes principaux : l’étude urbaine centrée sur la cartographie et l’analyse spatiale, l’étude du temple comme marqueur de l’espace dans le temps et celle de la nécropole romaine, comme espace funéraire et social.