À partir de 1994, l’intérêt s’est porté vers la communauté agricole voisine d’époque perse, Ayn Manâwir, dont l’existence relève de la mise en pratique d’une technique hydraulique nouvelle, les qanâts. Dès le début des années 1980 et jusqu’en 1992, l’aménagement du milieu naturel par les populations antiques avait fait l’objet d’études approfondies associant les données géomorphologiques à l’analyse des techniques mises en œuvre pour l’indispensable maîtrise de l’eau. Cette démarche impliquait une vision plus large du territoire et de la chronologie. C’est dans cette perspective que, dans les années 2000, a débuté sous la direction de Michel Wuttmann, un programme de prospections destiné à dresser la carte archéologique du bassin sud de l’oasis. Les travaux sur la Préhistoire prirent place dans ce cadre. Ils s’inscrivent sur la trajectoire de ceux initiés par Gertrude Caton-Thompson au début du XXe siècle.

Quatre-vingt quatre sites relevant de la Préhistoire récente (Holocène) ont été testés par des sondages ou ont fait l’objet de véritables campagnes de fouille.