Les niveaux antérieurs aux bâtiments nagadiens correspondent à une impressionnante succession d’étroites tranchées et de petites fosses relevant des Cultures de Basse Égypte. Les vestiges de bois calcifiés mis au jour dans ces tranchées évoquent des architectures légères avec des éléments verticaux – de type canisse – enduits de terre et expliquent les incessantes reconstructions dont elles ont fait l’objet. Ces parois ou palissades, qui matérialisent de vastes ensembles pluricellulaires (espaces domestiques au sens strict ou zones d’activités ?), sont attestées tout au long d’une séquence stratigraphique de 1,50 m d’épaisseur pouvant représenter 200 à 300 ans d’occupation. Des évolutions se font néanmoins jour. L’apparition, vers le milieu de la séquence, de silos en grand nombre peut dénoter un accroissement des capacités de stockage et un passage vers une agriculture céréalière plus intensive. Peu après, alors que les échanges entre le Delta et la vallée du Nil s’intensifient, comme l’indique l’augmentation des mobiliers importés, on enregistre l’émergence d’une nouvelle tradition architecturale mettant en œuvre la brique crue.

On est là (vers la fin du second quart du IVe millénaire), à un moment où tout s’enchaîne rapidement. L’enjeu, qui repose sur une analyse stratigraphique maîtrisée, est de saisir la dynamique de l’évolution de la société et donc quels en sont réellement les moteurs, entre mutations internes et stimuli externes.